沉水植物的根能吸收底泥中的N、P，莖和葉能吸收水體中的N、P，比其他水生植物具有更強的富集N、P的能力。其生長過程使水體的pH以及藻類含量的變化，使鐵磷、有機磷等主要化學形態(tài)磷的釋放得到明顯的控制，同時沉水植物的生長使沉積物中總磷水平也有明顯的降低。沉水植物不僅可以吸收富營養(yǎng)化湖水中的磷，亦可抑止沉積物和上覆水中的堿性磷酸酶活性（APA），并抑制沉積物的再懸浮，使上覆水中各種形態(tài)磷濃度均保持在較低的水平，對于控制內源磷釋放有抑制作用。

沉水植物的生長繁殖過程需要大量營養(yǎng)，沉水植物的根、莖、葉在水中形成的富氧環(huán)境，整體植株表面形成生物膜能高效的降解水中的高錳酸鹽指數(shù)、氮、磷的含量，而根系膜內微生物產生的多聚糖能有效吸附水中懸浮物。